梁爱琪,云使用事例:圣裘德用云来对立儿童期癌症,玫瑰情人网

admin 8个月前 ( 04-26 03:00 ) 0条评论
摘要: 圣裘德儿童研究医院将基因组数据库移至云端,为世界各地的科学家提供了一个合作平台.当你处理大量的科学数据时,将其全部放入......

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圣裘德儿童研讨医院将基因组数据库移至云端,为世界各地的科学家供给了一个协作渠道。



当你处理很多的科学数据时,将其悉数放入云中或许需求一些时刻。可是一旦这些数据存在于云端,在世界上任何地方对你的数据进行试验都很简略——你h书只需下载成果就熊益军能够了。可是,让研讨人员承受这种范式改变就能够得到安排内或安排外的协作伙伴的支撑,正如田纳西州孟菲斯市圣裘德儿童研讨医院的高档副总裁兼首席信息官Keith Perry所了解的那样。


圣裘德正致力于制作儿童期癌症的基因图谱,以此作为寻求医治办法的一部分。圣裘德运用基因测序(大体上一切的DNA)来确认患者的健康细胞和肿瘤杨镒天的全基因组序列。对两者进行比较(以及对其他患有相似癌症的患者的基因组进行比较)能够为医治办法带来重要头绪梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网。


这是一个很重要的数据问题。圣裘德记录了5,000多名患者的全基因组序列,每个序列大约占100千兆字节。研讨人员或许只在其间的几个字节内寻觅骤变或其它遗传符号。


由于这些儿童期癌症十分稀有,世界各地的研讨人员希梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网望能比较数据——但由于数据太多,很难比较。Perry举了一位研讨人员的秋千门比如,他花了六个月的时刻下载了一个巨大的数据集并查看了它的质量,然后又花了几天的时刻来进行剖析。


Perry说:“医疗职业仍在奋力下载数据。但还没有到达有必要到云端做核算的临界点,‘我有必要下载数据’的心态仍是存在色漫的,尽管咱们正在渐渐消除这种观念。


这便是圣裘德创立St. Jude Cloud的一个原因,在这个渠道里,研讨人员和其别人可对数据进行保管并进行试验。


创立St. Jude Cloud的另一个原因是圣裘德的集资形式。Perry说:“咱们是一个慈善机构,咱们的作业重点是找到医治办法并救助这些儿童,咱们十分重视这一点。......咱们谁解乘舟寻范蠡无法将自己正在出产的这一数据或正在刻画的概念视作是自己的东西。咱们仅仅对正在生成的常识进行办理。


跨部分协作


圣裘德挑选与专门从事基因范畴的DNAnexus协作,而不是从零开端创立数据同享渠道。然后,它开端寻觅云供给商,终究挑选了微软的Azure渠道。


Per梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网ry说:“就云技能的运用而言,咱们的任务便是创立一个同享梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网的生态体系,该体系不只仅是以文件同享机制为根底,咱们现已发现,研讨职业就运用这样的机制。在现有数据的根底上创立东西和核算能梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网力,这才更挨近该体系的实质。


Perry说,假如圣裘德的核算微生物学系主任Jinghui Zhang和她的团队没有参加的话,圣裘德的这个云项目本来是梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网不或许赢得2019年的Digital Edge 50数字创新奖的。


Zhang的部分编写的软件从基因组测序仪中获取数据并对张婉清老街其进行处理,以协助研讨人员了解基因组的特征及其所包含的一切骤变。他说:“她所开发的东西以及她的研讨团队所开发的东西确真实全球规划内得到了运用。


IT和核算微生物学部分协作创立了St. Jude Cloud。


Perry说:“他们本能够脱离并开发一个没有IT的云结构,咱们本该对此感到懊丧”,可是,黄春谷IT部分能够证明协作的价值。“我梁爱琪,云运用案例:圣裘德用云来敌对儿童期癌症,玫瑰情人网们能帮他们将一切数据移植到Azure的云端中;这将花费他们适当长的时刻。“尽管如此,Pemsmjrry的网络团队花了几个月的时刻来上传数据并对其进行质量检测。


接下来便是代码优化:一旦核算生物学团队开宣布一个东西,IT人员就能够加快速度。关于这些岗位,Perry通常会寻觅有核算科学博士学位并专心于高性能核算的提名人。


Perry说:“他们是这样一群人——真实致力于了解高性能核算机的作业原理并致力于了解在其间一台核算机中优化代码的最佳办法,这样的人也很难找到。


程序员开始将方针锁定在圣裘德的内部研讨集群中,该集群具有6400个核算中心。一旦该集群准备好投入出产,或行将与其别人同享,那么它就会被移植到云端。


鉴于一开端从事高性能核算(HPC)的博士十分稀缺,内部训练一直是向云端搬迁的要害组成部分。Perry说:村庄小子“当咱们设置职位时,咱们从外部引进了一批人,但咱们首要仍是期望用首要参加咱们的任务的人,然后咱们能够教他们如安在云核算职业做出改变。这是一种不同抠脚大叔的思想。


圣裘德所做的其他IT奉献包含在前期阶段将信息安全作业纳弱气乙女入项目,然后维护患者的数据,并让互联网规划团队帮助规划St. Jude Cloud门户。


Perry说:“咱们已将云核算范式(假如你不介意这么称号的话)整合到正常的信息安全方案中。咱们让一家外面的公司为咱们做浸透测验,咱们现已放宽对他们的约束,他们能够为所欲为地测验云根底设施。


你怎么处理这些测验的成果,这一点很重要,Perry说:“这不是一种惩罚性演练。而是,“不管这是咱们需求加强的流程仍是技能,问题在于咱们能否有所发现,发现信息规划的缺口?”所以这对咱们来说是一个十分有用的演练。


传达愿景


在规划方面,圣裘德所做的最风趣的作业便是其与本身的营销和交流团队所打开的协作。


Perry说:“我在职业生涯中现已了解到,IS或IT的确不太拿手对他们所做的作业进行推行”,可是,为了让St. Jude Cloud取得成功,该团队不只要压服内部用户,还要让其它研讨机构的用户信任他们tkhim所供给的数据。


Perry企图保证营销团队一早378万天价茅台加勒比女就参加该项目。他说:“营销团队帮咱们供给简明有力的信息,并使人们在团队参加的各种会议中愈加积极主动。他们还有时机就一些规划特色和流程宣布主意。咱们的营销传达小组十分棒,由于他们也了解研制集体。


Perry说,St. Jude Cloud赢得外部用户的一种方法是专心于完成价值,而不只仅是传递信息。“咱们在上一年敞开该渠道时,它现已有十分丰富的数据,这是一个与儿科相关的十分巨大的测序数据集,咱们方案添加它的规划。咱们没有做这样的作业——站出来说‘咱们要创立这个渠道’。相反,咱们站出来说,‘嘿,咱们现已创立了该渠道,它现已安排妥当。’”


尽管Perry想认可IT团队所发明的价值,但他也看到了晦气的一面:“咱们有必要供认,作为一个职业,并非一切的价值都由IT内部发明,IT以外的部分也在发明价值,这便是协作关系。


(来历:企业网D1net)


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